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琴酒并没有暗中保护柯南，会有这样的剧情情况和造成这样的误会是因为是剧情需要。琴酒已经把杀人当做自己日常的一部分，杀的人太多了。哪怕同事问他，被他杀死的工藤新一还记得是谁吗？他都说了一句，不记得自己已经杀死的人。

从故事开始最早给柯南灌药造成柯南变小，到后来在搜索储物柜时眼看就要被发现，却强硬否决里面有人。首先动画是基于现实生活的，但终究还是一种艺术形式，是作家主观思维的表达。很明显作者就是单单想创造紧张的氛围，波折的剧情，而设立的情节，即使回过头看来不合理，不符合现实，细节没做好，但主要的脉络还是清晰的，作者的意图也是很明显的。

二战后某大富豪成立了一个目的未知的神秘组织，他们以酒为代号，以穿黑衣为标志所以称黑衣组织，琴酒就是黑衣组织的高层干部，也是最早登场的反派角色，在柯南中是一个明显的剧情需要就会出现的角色，尤其是推动主线的一个标志性人物。